노인으로 태어난 아이, 벤자민
미국의 한 병원에 입원 중인 데이지는 많은 나이로 인해 죽음을 앞두고 있다. 그녀는 자신의 딸 캐럴라인에게 일기장을 읽어달라고 부탁합니다. 일기는 1차 세계대전이 끝나고, 전쟁 중 맹인이 만든 거꾸로 가는 시계가 완성된 후 한 남자아이가 태어나게 됩니다. 전쟁이 끝나 축제 분위기였던 당시에 한 남자아이가 태어나고 아이의 엄마는 아이를 낳다 사망하게 됩니다. 아이 아빠였던 토마스는 태어난 아들을 확인 후 아이를 데리고 밖으로 나가버립니다. 토마스는 아이를 바다에 던지려고 하였고 한 보완관이 나타나 토마스는 아이를 데리고 다른 곳으로 피합니다. 그리곤 어느 양로원 앞에 아이를 버리고 가버립니다. 그리고 얼마 후 한 부부가 아이를 발견하지만 아이의 모습은 노인의 모습을 하고 있었습니다. 부부는 놀랐지만 아내 퀴니는 아이가 버려진걸 눈치채고 아이를 집안으로 데려갑니다. 퀴니는 우선 의사를 불러 아이의 상태를 확인합니다. 의사는 아이가 백내장이 있어 앞을 보지 못하고 관절염도 심한 상태라며 곧 죽을 수도 있다고 말합니다. 하지만 퀴니는 아이를 양로원에서 함께 키우기로 합니다. 아이에게 벤자민이라는 이름을 지어주고 키우려 하지만 남편은 반대를 합니다. 퀴니 부부는 불임으로 인해 아이를 못 가지는 상태였고 남편은 아무리 불임이라도 괴물 같은 아이는 싫다고 반대했지만 퀴니의 뜻을 꺾을 수는 없었습니다. 한편 거꾸로 가는 시계는 계속해서 돌아갔고 얼마 안 가 죽을 거 같던 벤자민은 퀴니의 보살핌 아래 잘 자라고 있었습니다. 노인의 외모를 가진 벤자민은 또래 아이들과 어울릴 수 없었고 양로원에서 노인들과 같이 생활하지만 몸과 달리 정신은 어린아이와 같았던 벤자민은 이 상황이 지루하고 재미없었습니다. 또한 양로원에서 돌아가시는 노인들을 보며 자라던 벤자민은 어린 나이에 죽음에 대해 많은 걸 느끼게 됩니다. 어느덧 벤자민은 7살이 되었고 퀴니는 벤자민을 교회로 데리고 나갑니다. 교회에서 목사님에게 기도로 치료를 받은 벤자민은 지팡이의 도움이 필요하지만 걸을 수 있게 되었고 오티라는 남자와 처음으로 외출도 나가고 오티와 많은 이야기를 하며 지냈습니다. 그러던 어느 날 양로원에서 추수감사절 파티가 열리고 벤자민은 푸른 눈을 가진 데이지에게 한눈에 반하게 됩니다. 그날 오후 벤자민은 데이지와 함께 식사를 하고 있는데 퀴니가 임신을 했다는 소식을 듣게 됩니다. 그날 새벽 데이지는 벤자민과 비밀친구가 되어 자신의 비밀 얘기를 하게 됩니다. 벤자민이 자신은 늙지 않았다고 얘기하는 순간 데이지의 할머니가 찾아와 벤자민에게 험한 말을 하며 데이지를 데리고 가버립니다. 시간은 흐르고 퀴니는 아이를 출산하였고 시간이 흐르는 만큼 많은 노인들이 떠나가고 새로 들어오기를 반복했습니다. 또한 벤자민의 신체에도 변화가 생기게 됩니다. 몸은 아직도 늙었지만 여기저기 털이 나고 점점 더 건강해지는 게 느껴졌습니다.
점점 젊어지는 벤자민의 시간
전 보다 좋아진 몸으로 외출도 더 쉬워졌고 종종 항구에 나가 사람들도 구경하게 됩니다. 그러던 어느 날 항구에서 한 선장이 일할 사람을 급히 구했고 벤자민은 마이크 선장을 따라 일을 하러 가게 됩니다. 새로운 경험들을 하며 벤자민은 선장과도 친해지게 됩니다. 선장은 일이 끝나고 벤자민을 데리고 술집으로 가게 되는데 우연히 친아빠 토마스를 만나게 됩니다. 토마스는 벤자민이 자신이 아들이란 걸 알고 있었지만 그런 사실을 숨긴 채 벤자민에게 많은 이야기를 해줍니다. 그렇게 몇 년이 흐른 후 다른 사람들은 시간이 지남에 따라 늙어갔지만 벤자민은 점점 더 젊어지고 있었습니다. 정신적으로 청년이 된 벤자민은 양로원을 떠나 마이클 선장과 함께 대서양 곳곳을 다니며 많은 경험을 하게 됩니다. 한편 데이지는 발레 학교에서 발레단에 들어가게 됩니다. 그러나 얼마 지나지 않아 또다시 전쟁이 시작됐고 벤자민이 탄 배가 해군에 징발되었습니다. 벤자민은 나라를 위해 배를 타겠다고 하였고 얼마 안 가 전투가 이루어진 곳에 도착하게 됩니다. 적군의 잠수함에 비해 너무 열악했던 무기로 인해 벤자민이 탄 배는 공격을 당했고 벤자민만 목숨을 겨우 건지게 되었습니다. 26살이 된 벤자민은 다시 집으로 돌아가게 되고 퀴니는 벤자민이 돌아온 것에 크게 기뻐하고 퀴니의 남편이 4개월 전 세상을 떠났다는 소식을 전해 줍니다. 그리고 양로원에 찾아온 데이지와 만나게 되고, 데이지는 벤자민을 반갑게 맞아줍니다. 데이지는 벤자민과의 만남을 운명이라고 생각하며 함께 저녁식사를 하러 나갑니다. 저녁식사를 하며 둘은 많은 얘기를 합니다. 벤자민이 바다에 있는 동안 데이지는 발레리나가 되었고 그녀는 도시생활로 많이 변해있었습니다. 낯선 모습에 벤자민은 데이지에게 실망을 합니다. 데이지는 벤자민에게 오늘 밤 함께 있자며 유혹하지만 벤자민은 거절을 하고 이에 기분이 상한 데이지는 떠나버립니다. 그러던 어느 날 토마스가 찾아왔고 오랜만에 함께 식사를 하게 됩니다. 토마스는 자신이 몸이 좋지 않아 얼마 못 살 거라는 얘기를 해주고 자신이 벤자민의 아빠라는 사실도 말해줍니다. 그러면서 자신의 모든 재산을 벤자민에게 주고 싶다는 토마스에게 충격을 받은 벤자민은 얘기 도중 집으로 가버립니다. 벤자민은 엄마 퀴니에게 이 사실을 말하고 퀴니도 화를 냅니다. 벤자민은 친부의 존재로 혼란스러워 하지만 다음날 다시 토마스에게 찾아갑니다. 얼마 남지 않은 토마스의 시간을 벤자민은 함께 해주고 토마스는 세상을 떠나게 됩니다. 그 후 벤자민은 이 사실을 데이지에게 말해주려 그녀를 찾아가지만 남자 친구가 생긴 데이지는 벤자민을 불편해합니다. 벤자민은 아버지 얘기를 하지 않고 집으로 돌아가려 하는데 그런 벤자민을 보고 불편해진 데이지는 언성을 높이게 되고 그렇게 좋지 않게 헤어지게 됩니다. 그러던 어느 날 데이지가 택시에 치였다는 소식을 듣고 병원에 찾아가지만 아픈 모습을 보이고 싶지 않은 데이지는 까칠하게 대하고 그럼에도 자신이 집에서 돌봐주겠다는 벤자민을 끝까지 밀어내고 또다시 헤어지게 됩니다. 세월이 흐르고 어느 날 데이지가 벤자민을 찾아오고 두 사람은 서로의 마음을 확인하고 함께 여행을 다니며 더욱 가까워지게 됩니다. 그 사이 퀴니도 세상을 떠나게 되고 벤자민은 토마스가 남긴 집을 팔아 데이지와 살집을 마련하고 가정을 꾸리게 됩니다.
누구나 삶의 종착지는 똑같다
두 사람은 행복한 시간을 보냈고, 데이지는 발레학원에도 취직하게 됩니다. 그러던 어느 날 데이지는 임신소식을 알렸고 벤자민은 기뻤지만 한편으로는 걱정이 되었습니다. 자신은 점점 어려질 텐데 아빠 노릇을 어떻게 할지 걱정했고, 또 아이가 자신을 닮을까 하는 걱정도 하게 됩니다. 데이지는 자신과 함께하면 문제없다며 아이를 낳게 됩니다. 아이는 정상으로 태어났으며 아이 이름은 캐럴라인이었습니다. 두 사람은 사랑으로 아이를 키웠고 아이가 커갈수록 벤자민은 걱정이 많아졌습니다. 결국 두 사람에게 짐이 되지 않기 위해 벤자민은 이 행복을 포기하고 떠나기로 결심합니다. 모든 재산은 데이지 앞으로 남기고 두 사람이 잠들었을 때 벤자민은 떠나게 됩니다. 10년의 세월이 흐르는 동안 벤자민은 세계 곳곳을 돌아다니다 다시 데이지를 찾아갑니다. 데이지는 재혼을 하여 평범하게 살고 있었고 그 모습을 보고 안 심한 후 돌아갑니다. 그날 저녁 데이지는 다시 벤자민을 찾아갔고 아직 서로를 사랑하는 두 사람은 하룻밤을 같이 보내고 다시 각자의 삶으로 돌아가게 됩니다. 그 후 수십 년이 지나고 데이지는 한통의 전화를 받고 요양원으로 갑니다. 그곳에는 아이 모습의 벤자민이 있었고 치매로 모든 기억을 잃은 상황이었습니다. 벤자민은 데이지 마저 기억에서 잊어버렸고 그런 벤자민을 데이지는 보살펴주게 됩니다. 시간이 흐르며 걷지도 말하지도 못하게 된 벤자민은 갓난아이가 되었고, 기차역에 설치된 거꾸로 가는 시계는 철거되며 벤자민 또한 영원한 잠을 자게 되었습니다. 그렇게 모든 일기를 듣게 된 데이지는 편안하게 세상을 떠나게 되고, 그렇게 영화는 끝이 납니다.